Het Augustijnenklooster in Gent werd op 24 november 1296 gesticht toen de augustijnen zich met de zegen van de bisschop van Doornik ook in Gent vestigden. Met het klooster is ook de Sint-Stefanuskerk verbonden.

In de Middeleeuwen kende het klooster een gestadige groei dankzij de steun van het Gentse patriciaat.

Vanaf de 14de eeuw had de familie Borluut een eigen begraafplaats in de kloosterkerk. Zij zijn eeuwenlang de grote weldoeners van het klooster gebleven.
In 1582 werden de kerk en het klooster bijna met de grond gelijk gemaakt door de Geuzen. Enkel de keuken en de refter bleven gespaard. Door bemiddeling van prior provinciaal Joannes Cools werd, onder de Aarsthertogen Albrecht en Isabella en op bevel van Philips II, de kerk op kosten van de stad herbouwd in 1606 omdat de voormalige magistraat Hembize, verantwoordelijk was geweest voor de vernieling ervan. Vanaf 1621 werd het St. Stefanusklooster herbouwd. Grotendeels gefinancierd door de adellijke familie Borluut werd het in klassieke renaissance stijl opgetrokken. Tussen de jaren 1718 – 1720 werd als sluitstuk van het grootse bouwwerk de indrukwekkende kloosterbibliotheek gebouwd. Ze is tot op vandaag in goede staat bewaard en te bezichtigen.

De Sint-Stefanuskerk heeft ook vandaag nog een grote aantrekkingskracht. Zoals in meerdere kloosterkerken in Vlaanderen, kunnen de gelovigen ook bij Sint-Stefanus terecht voor geestelijke bijstand. Altijd zijn er medebroeders die deze mensen opvangen en begeleiden. De mogelijkheid om permanent het sacrament van de biecht te ontvangen blijft tot op vandaag gegarandeerd. Tegelijk heeft de gestage groei van devotie tot de Heilige Rita, een Augustijnse heilige er voor gezorgd dat Sint-Stefanus ook een bedevaartskerk werd. Onafgebroken komen mensen met hun kleine en grote verzuchtingen tot deze Heilige. Zij kunnen ook een luisterend oor vinden bij de medebroeders die de permanentie uitmaken. Vooral rond en op 22 mei, de feestdag van de Heilige Rita, is er een grote toeloop van bedevaarders.